사단법인 대한불교 종단 총연합회는 1984년 (고)서경보 대종사께서 군소종단의 권익과 우호증진을 위하여 일승종, 여래종, 대승종, 원융종, 일붕선교종, 법왕종, 미륵종, 삼론종, 법화종등 10여개의 종단이 규합하여 대한불교 종단연합회로 출발하였으나 87년 제17차 세계 불교도 대회의 성공적 개최를 위해 기존단체인 현재 한국불교 종단협의회와 합쳐지면서 한국불교의 연합체는 단일단체로 구성되었다.
그러나 협의회의 단일체제에서 소위된 몇몇 종단이 대한불교 종단연합회를 중심으로 활동해 오면서 1994년 26개 종단 3천여명이 모여 대한불교 종단총연합회로 개칭하여 매년 연합법회를 연 2회씩 치르면서 명실공이 한국최대 연합체로 활동하고 있다.
한편 1988년 불교재산 관리법이 폐지된 후 기존종단에서 이탈한 사람들이 새로운 종단을 설립하는 숫자가 늘어남에 따라 단일교단의 구심체가 절실함을 느낀 회원종단들은 관계기관에 설립허가를 수차례 요구하였으나 정부는 단일 체제를 고수하여 오다가, 마침내 2012년 3월 2일 문화체육관광부 민법32조에 의해 허가를 득하고 현재 117개종단이 가입하여 활동하고 있다.
한편 임원에는 제1대회장 서경보대종사, 2대회장 심판석대종사, 3대회장 김무애대종사, 제4,5대 회장에 서의륜대종사, 제6대회장에 박청운대종사로 오늘에 이르며 본산을 설악산 동해사에 두고 연수원을 설악산 불탑사에 두고 본부를 서울 녹번동 송림사에 두고 각종단의 우호증진을 위한 단일 체제를 이루어 각종단의 권익증진과 행정지원 연수교육과 연합 법회를 통하여 한국불교의 위상을 드높이고 있다.
현재 임원으로는 명예총재 인왕대종사, 이사장겸총재, 의륜대종사, 회장 청운대종사, 실무의장 유법천종사. 사무총장 김소부대법사등 117개 종단 1만여명의 승려가 동참하여 활동하고 있다.